Os grupos de trabalho da Comissão Arco Atlântico são criados com base nos reptos e oportunidades relacionados com o espaço atlântic, donde a importância de temas como a pesca, os transportes ou as energias marinhas renováveis. Além disso, podem ser constituídos grupos de trabajo "ad hoc" para responder à vontade das Regiões atlânticas de estar em sintonia com a atualidade e de participar nos debates sobre as orientações das políticas da UE.
Os grupos de trabalho da Comissão Arco Atlântico cumprem duas missões principais: por um lado, favorecer a cooperação, o intercâmbio de experiências e de boas práticas entre as Regiões em âmbitos estratégicos para o desenvolvimento do Arco Atlântico e, por outro, defender os interesses das Regiões atlânticas junto das instâncias europeias e posicioná-las como força de proposta no quadro da preparação e da implementação dos diferentes programas europeus.